O acidente de Alcântara. O jornal Folha de S. Paulo foi o primeiro a mostrar que havia indícios de problemas no VLS antes do incêndio ocorrido na torre de lançamento da Base de Alcântara, dia 22 de agosto, que matou 21 técnicos e cientistas do CTA. Reportagem de Salvador Nogueira, do dia 9 de setembro, conta que houve uma queima de transdutores de pressão, aparelhos que medem a pressão dos motores do VLS, o que seria um indício de que havia passagem de corrente elétrica pelo foguete e pela plataforma. Funcionários do Instituto de Aeronáutica e Espaço (IAE), não identificados pelo repórter, contaram à Folha que tanto o foguete quanto a plataforma estavam dando choque elétrico em quem os tocasse. Uma das hipóteses para o acidente é que de uma corrente elétrica acionou os motores do foguete, provocando o incêndio.

O Estado de S. Paulo do dia 10, no entanto, diz que a informação sobre o choque foi negada pelo ministro da Defesa, José Viegas Filho, em audiência pública na Câmara dos Deputados, no dia 9 de setembro. O jornal ressaltou a informação de Viegas sobre a retomada da negociação com os EUA para uso de Alcântara. Já a Folha, nesse mesmo dia, destaca que Viegas não descartou o problema, apesar de ter dito que não houve relato de que o foguete ou a plataforma estivessem dando choque.

Na primeira reportagem sobre o acidente, dia 23 de agosto, a Folha apontou que 16 pessoas haviam morrido, enquanto O Estado de S. Paulo já aparecia com uma manchete com 21 mortos e fez uma cobertura mais extensa, dando a repercussão do acidente, um histórico do projeto do VLS e uma reportagem em que três especialistas apontavam o combustível sólido como provável causador do fogo. A Folha também apresentou uma matéria em que se discutia se era mais seguro usar propelente sólido ou líquido no VLS.

O presidente da Agência Espacial Brasileira (AEB), Luiz Bevilacqua, mereceu uma matéria do Estadão por conta de sua declaração no dia do acidente. Ele concedia entrevista coletiva sobre o acordo firmado entre Brasil e Ucrânia para o uso da Base de Alcântara quando foi questionado sobre o que os jornalistas chamaram de explosão do VLS em um primeiro momento. Bevilacqua respondeu: "só se for um foguete de São João." Posteriormente, ele foi comunicado por um assessor que o acidente tinha acontecido. Já a Folha trouxe, também no dia 23, a entrevista com o idealizador do VLS, brigadeiro Hugo Piva, que afirmou: "no momento, pode parecer uma opinião leviana, mas acho que certamente houve uma falha humana. Pela experiência de mais de 30 anos, acredito que houve falha de manuseio. O acidente não foi no ponto crítico usual, que é o lançamento."

No dia 24, domingo, a Folha destacou a reação do Congresso ao que o jornal chamou de "gafe" do presidente da AEB. O deputado Courauci Sobrinho (PFL-SP), presidente da Comissão de Ciência e Tecnologia da Câmara, disse à Folha que a manifestação de Bevilacqua, narrada pelo Estadão no dia anterior, foi "constrangedora" e contou que ia requerer explicações sobre o acidente aos ministros da Defesa e de Ciência e Tecnologia (respectivamente José Viegas e Roberto Amaral) e do próprio Bevilacqua.

Na segunda-feira, os jornais trouxeram as primeiras fotos do incêndio, divulgadas pela Aeronáutica. O Estadão ressaltou matérias de apelo emocional, contando sobre o abraço ao foguete dado pela equipe um dia antes do acidente, sobre o choro do piloto Luiz Cláudio de Almeida ao ver o vídeo feito pelo seu irmão, o cinegrafista José Eduardo de Almeida, morto no acidente, e sobre a identificação de três dos 21 mortos. Já a Folha explicou os procedimentos de investigação da falha do VLS, comparando-os com os adotados pela Nasa nos acidentes do Challenger e Columbia. A Folha criticou o fato de que as investigações se limitariam ao acidente, sem questionar aspectos estruturais do projeto, como gerenciamento, orçamento e segurança. "Em programas espaciais estrangeiros, as comissões investigadoras de acidentes normalmente vão além dos aspectos técnicos e buscam as causas mais profundas dos problemas - em especial quando ocorrem mortes", destaca a reportagem. Em outra matéria, o jornal conta que a AEB manterá o lançamento de foguete com experimentos, planejado para ocorrer entre junho e julho de 2004.

A Folha trouxe, ainda na edição de 25 de agosto, um artigo do astronauta brasileiro, o major-aviador Marcos César Pontes, que participa de um treinamento na Nasa e pode se tornar o primeiro astronauta do País a ir para o espaço. No artigo, Pontes ressalta que é importante continuar com o Programa Espacial Brasileiro e lembra da sua própria situação na Nasa. O astronauta não sabe se conseguirá, de fato, integrar um vôo tripulado para a Estação Espacial Internacional (ISS), por causa do "baixo orçamento resultante da baixa prioridade do projeto (a ISS) no MCT".

No dia 26 de agosto, os jornais destacaram as imagens obtidas em Alcântara, cujo acesso havia sido liberado para a imprensa no dia anterior. A Folha abriu a página de Ciência falando que a AEB só tinha recebido 10% do seu orçamento este ano. Já o Estadão centrou as atenções nas causas do acidentes., com a confirmação por parte do ministro da Defesa, José Viegas, de que a ignição espontânea de um foguete auxiliar provocou o incêndio no VLS. "Houve uma ignição que levou a uma explosão do combustível. Nós não sabemos qual a causa dessa ignição prematura e aí se concentram as investigações. As possibilidades maiores são de que tenha havido alguma descarga elétrica", disse o ministro, de acordo com o Estadão.

A Folha deu as mesmas informações, mas acrescentou: "há duas hipóteses para explicar o acionamento da ignição: choque (pancada) e uma onda eletromagnética.", usando as palavras do coordenador da Operação São Luís (nome da operação de lançamento do VLS), major-brigadeiro Tiago da Silva Ribeiro. Também ouviu especialistas para explicar como um choque ou uma onda eletromagnética poderiam provocar a ignição dos motores do foguete.

Na quarta-feira, dia 27 de agosto, as manchetes eram todas para a conclusão das investigações sobre o acidente do ônibus espacial norte-americano Columbia. Comparações com os procedimentos brasileiros no caso de Alcântara com os adotados pelos norte-americanos, que responsabilizaram a Nasa, foram inevitáveis. "Scott Hubbard, diretor do Centro de Pesquisa Ames da Nasa e único membro da comissão de investigação do acidente do Columbia ligado à agência, afirma para a Folha que as autoridades brasileiras deveriam determinar" uma ampla e completa investigação "no programa de veículos lançadores de satélites do país, como a feita nos EUA". Ele defendeu que uma investigação maior, envolvendo a estrutura e o histórico do programa, poderia apontar não só problemas técnicos. "Não basta apenas olhar para os problemas físicos, para fios e outros equipamentos. É preciso olhar e investigar todo o sistema", disse ele, para a Folha.

Já o Estadão revelou que um rigoroso esquema de segurança foi montado para essa terceira operação de lançamento do VLS. "Por suspeitar que algum tipo de sabotagem teria provocado insucesso nos lançamentos anteriores e para evitar a possibilidade de novos incidentes, um rigoroso esquema de proteção, preparado pela área de inteligência do Ministério da Defesa, entrou em operação há pelo menos três meses", escreve Tânia Monteiro, repórter do Estadão. Os dois jornais mencionaram o pedido da SPBC de se fazer uma investigação independente.

No dia 28, os jornais deram destaque para a presença do presidente Luiz Inácio Lula da Silva no velório, ocorrido em São José dos Campos, de 19 das 21 vítimas do acidente. O presidente prometeu enviar ao Congresso um projeto de lei para indenização dos familiares. A Folha deu como matéria principal que a reconstrução da plataforma do foguete custará R$ 10 milhões. O Estadão destacou que o ministro Viegas Filho descartou a possibilidade de nomeação de uma comissão independente para investigar a explosão do foguete em Alcântara, como pediu a SBPC. "É responsabilidade do governo fazer a investigação sobre as causas que motivaram o colapso do foguete e essa investigação será feita com transparência", declarou o ministro para o jornal.

No dia seguinte, a Folha contou que o coronel-aviador Antonio Carlos Cerri saiu do comando das investigações. Assumiu o posto o brigadeiro-do-ar Marco Antonio Couto do Nascimento, vice-diretor do CTA. De acordo com o jornal, a substituição tem como justificativa o desnível hierárquico. "Como o inquérito policial-militar está sendo chefiado pelo brigadeiro José Monteiro Guimarães, a Aeronáutica julgou que seria apropriado ter alguém de mesma patente na comissão investigadora." O jornal também mostrou fotos aéreas feitas do momento do incêndio do VLS que são da Space Imaging, que comercializa as imagens do satélite Ikonos.

Já o Estadão chamou a atenção do leitor para as imagens inéditas do incêndio, momentos antes e na hora do acidente, divulgadas pela Rede Globo na noite anterior. Foram captadas pelo circuito interno de TV da base, que tinha uma câmera para monitorar cada um dos quatro estágios do VLS. De acordo com o jornal, "as imagens confirmam a versão de que a causa do acidente foi a combustão espontânea ocorrida na base de um foguete auxiliar do protótipo." O Estadão também apurou que a proposta orçamentária para o VLS era de R$ 4,3 milhões em 2004 e que o valor deverá ser revisto.

No dia 31 de agosto, domingo, o Estadão trouxe uma extensa reportagem em que discutia porquê o Brasil precisava investir em pesquisa espacial, mostrando um histórico do Programa Espacial Brasileiro e analisando, com gráfico, o orçamento de 1985 a 2003, mostrando a queda nos investimentos. A Folha, em sua revista dominical, apresentou a entrevista de duas mulheres cujos maridos estavam trabalhando no VLS. Ambas são amigas e chamadas de Cida. Aparecida Fernandes de Lima Garcia era mulher do engenheiro Gines Ananias Garcia, morto no incêndio. Maria Aparecida Lemos é casada com o cinegrafista José dos Santos Ferreira, que não estava na torre na hora do acidente.

O Estadão antecipou, em 1º de setembro, que especialistas russos iriam auxiliar a comissão formada pelo governo nas investigações do acidente. Também nesse dia O Globo publicou um artigo do ministro Amaral em que ele defende a continuidade do programa espacial, dando exemplos de benefícios advindos do desenvolvimento de tecnologias espaciais e ressaltando a importância estratégica de se investir nesse prosseguimento. Dia 3 de setembro, a Folha elogia, em editorial, a decisão do governo de incluir quatro pessoas na comissão de investigação sobre o VLS que não são ligadas à Aeronáutica, mas faz uma ressalva: "o ponto central agora é cuidar para que a comissão tenha mandato não só para investigar as causas imediatas do acidente como também para fazer recomendações que melhorem a segurança das equipes envolvidas no projeto espacial."